یونیسف از اوایل دهه پنجاه میلادی از برنامه‌های دولت ایران برای کودکان، حمایت کرده است. از اولین سال‌های تأسیس، یونیسف از برنامه واکسیناسیون کودکان علیه بیماری سل مشارکت کرد و همچنین در تجهیز اولین کارخانه شیر پاستوریزه کشور مشارکت داشت. بعدها، تمرکز یونیسف بر حمایت از برنامه‌های سلامت کودکان بیشتر شد، برنامه‌هایی مانند ترویج تغذیه با شیر مادر، واکسیناسیون و مبارزه با بیماری‌های اسهالی. این همکاری‌ها بین دولت جمهوری اسلامی ایران و یونیسف به حوزه‌های دیگر از جمله تقویت نظام مراقبت بهداشتی کشور، برنامه‌های سلامت مادران، تغذیه، مبارزه با کمبود ریزمغذی‌ها مانند کمبود ید و همچنین عفونت‌های حاد تنفسی گسترش یافت. بعدها برنامه‌هایی برای حمایت از آموزش و حمایت از کودکان به حوزه همکاری‌های مشترک اضافه شد.